故事發生在東京八丈島近海,一座將全球各地警方監控相連接的高科技設施——“太平洋浮標”即將啟動。為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯網,來自世界各地的工程師聚集在這里。基于人臉識別的全新“黑科技”也正在測試中……與此同時,柯南一行人前往八丈島觀鯨,途中柯南接到沖矢昴(赤井秀一)的電話,被告知歐洲刑警組織成員在德國遭到琴酒的殺害。為調查真相的柯南潛入“太平洋浮標”。正當工程師們正在為系統啟動而展開準備工作時,一樁案件突然發生!一名女工程師被黑暗組織綁架,她手中存有核心技術的U盤也落入了黑暗組織手中!此時,水下傳來未知潛水艇逼近的聲音,令人毛骨悚然,一個神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……